W czasie wojny Tischnerowie musieli na kilka lat opuścić Łopuszną. Przez pewien czas mieszkali w Rabie Wyżnej, a w 1942 roku ojca przeniesiono do szkoły w Rogoźniku, gdzie doczekali wyzwolenia. Tam też Józef Tischner-junior skończył szkołę powszechną oraz - w potajemnym nauczaniu - pierwszą gimnazjalną. W 1945 roku przyjęto go do gimnazjum w Nowym Targu, gdzie cztery lata później zdał tzw. dużą maturę. Następnie - zgodnie z wolą ojca - złożył papiery na Wydział Prawa UJ, mimo że podjął już wówczas decyzję, że zostanie księdzem. W maju 1950 roku zapukał do bramy seminarium przy ulicy Podzamcze w Krakowie. Pozostał studentem UJ - ale już na Wydziale Teologicznym.

  Studiował w najtrudniejszym dla Kościoła okresie w powojennej historii Polski. Na lata jego studiów przypada między innymi głośny proces Kurii krakowskiej, uwięzienie Prymasa i internowanie abpa Eugeniusza Baziaka oraz usunięcie wydziałów teologicznych z uniwersytetów. Tischner postanowił poświęcić się nauce. Pod wpływem ks. prof. Kazimierza Kłósaka rozwijał zainteresowania filozoficzne, zgłębiając szczególnie filozofią niemiecką. Wzorem kaznodziei był mu ks. prefekt Jan Pietraszko - późniejszy biskup. Na ostatnim roku miał wykłady z etyki społecznej z ks. dr Karolem Wojtyłą. Święcenia kapłańskie przyjął 26 czerwca 1955 roku z rąk bp. Franciszka Jopa. Zachęcony przez księdza Kłósaka podjął studia na Wydziale Filozofii Chrześcijańskiej Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie (lata 1955 – 1957). Po powrocie do Krakowa kontynuował je na Wydziale Historyczno-Filozoficznym UJ (1957 – 1959). Równocześnie, w tych samych latach pracował jako wikariusz w parafii św. Mikołaja w Chrzanowie i w parafii św. Kazimierza w Krakowie (1959 – 1963). W 1963 roku obronił doktorat u prof. Romana Ingardena na UJ.

  Od 1963 roku wykładał filozofię w Wyższym Seminarium Duchownym (później - Papieskim Wydziale Teologicznym, a od roku 1981 - w Papieskiej Akademii Teologicznej) w Krakowie. W 1974 roku habilitował się w ATK. W tym czasie współpracował już intensywnie z "Tygodnikiem Powszechnym" i miesięcznikiem "Znak" (pierwsze teksty - 1965). W 1965 roku przeprowadził się z wikarówki parafii św. Kazimierza do domu księży profesorów przy ul. św. Marka 10, gdzie mieszkał do lat '90 XX w. W latach '70. odprawiał w kościele św. Marka słynne Msze święte dla przedszkolaków. Równocześnie pełnił obowiązki duszpasterza krakowskiej inteligencji, którą gromadziły jego głośne "trzynastki" w kościele św. Anny. Współpracował z wieloma środowiskami: lekarzami - szczególnie psychiatrami (przyjaźń z Antonim Kępińskim), uczonymi, artystami. Był cenionym rekolekcjonistą i wykładowcą.

  W latach '70. i '80. włączył się w ruch niezależnych inicjatyw kulturalnych (między innymi w latach 1977 – 1978 miał wykłady w ośrodkach działających przy klasztorze SS. Norbertanek oraz parafii Najświętszego Salwatora w Krakowie). Od roku 1980 wykładał filozofię dramatu w Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej w Krakowie oraz filozofię na Wydziale Filologicznym UJ (Jego wykłady monograficzne wygłaszane w latach '80. i '90. w Collegium Witkowskiego UJ - co wtorek o godzinie 18 - przyciągały tłumy słuchaczy).

  Z ruchem "Solidarności" związał się od początku jego powstania; 19 października 1980 wygłosił w Katedrze Wawelskiej głośną homilię do przywódców NSZZ "Solidarność" ('Solidarność sumień'), która dała początek dziełu "Etyka solidarności". W 1981 roku był gościem I Ogólnopolskiego Zjazdu Delegatów "Solidarności". Wraz z działaczami NSZZ "Solidarność" RI (Rolników Indywidualnych) organizował w latach '80. pomoc dla rolników z Podhala (sprowadzanie maszyn z Austrii, organizowanie wyjazdów na praktyki gospodarskie).

  Jako kapelan Związku Podhalan zainicjował tradycję sierpniowych Mszy świętych w intencji Ojczyzny w kaplicy pod Turbaczem (od roku 1982), na które przybywali pielgrzymi z całej Polski. Równocześnie współtworzył Wydział Filozoficzny PAT (od 1981), pełnił funkcję jego dziekana, a od roku 1985 był profesorem nadzwyczajnym tej uczelni. Wybrany na rektora PAT, odmówił przyjęcia tej funkcji, pragnąc nadal zajmować się pracą naukową i duszpasterską. Współzałożyciel (wraz z Hansem-Georgiem Gadamerem i Krzysztofem Michalskim) i prezydent Instytutu Nauk o Człowieku w Wiedniu (1981), wielokrotnie uczestniczył w organizowanych przez ten Instytut spotkaniach intelektualistów z Janem Pawłem II w Castel Gandolfo. W roku 1993 otrzymał Nagrodę Polskiego PEN Clubu (w kategorii 'za twórczość poetycką, prozatorską i eseistyczną').

  Honorowe doktoraty przyznały mu Uniwersytet Łódzki i Wyższa Szkoła Pedagogiczna w Krakowie. Był laureatem wielu nagród, między innymi im. Jurzykowskiego (1988) [*], Pen Clubu (1993), im. Ksawerego Pruszyńskiego (1993). Kawaler Orderu Orła Białego (1999).

  Autor wielu książek, w tym dzieł filozoficznych ("Filozofia dramatu", 1990, wyd. 2 popr. 1998; "Spór o istnienie człowieka", 1998), zbiorów szkiców i esejów poświęconych problematyce filozoficznej, społecznej i religijnej (m.in. "Świat ludzkiej nadziei", 1975; "Etyka solidarności", 1981, wznowiona wraz z "Homo sovieticus", 1992; "Myślenie według wartości", 1982; "Nieszczęsny dar wolności", 1993; "Spowiedź rewolucjonisty", "Czytając Fenomenologię ducha Hegla", 1993; "W krainie schorowanej wyobraźni", 1997; "Ksiądz na manowcach", 1999). Wyszły drukiem tomy rozmów ("Między Panem a Plebanem" - z Adamem Michnikiem i Jackiem Żakowskim, 1995; "Tischner czyta Katechizm":, 1996, wraz z J. Żakowskim; "Przekonać Pana Boga", wraz z Dorotą Zańko i Jarosławem Gowinem, 1999). Sporym powodzeniem cieszyły się niewielkie objętościowo publikacje Tischnera o charakterze duszpasterskim, zwłaszcza rozważania etyczno-religijne "Jak żyć?" (wyd. 2, 1997) oraz "Pomoc w rachunku sumienia" (2000). Szczególne miejsce w Jego twórczości zajmują utwory pisane stylizowaną gwarą podhalańską, z których najbardziej znanym jest nawiązująca do tradycji góralskiej gawędy "Historia filozofii po góralsku" (1997).

  Szeroką popularność przyniosły ks. Tischnerowi audycje radiowe (m.in. "Rozmowy bez pointy" prowadzone z Jarosławem Gowinem na antenie Radia Kraków oraz czytana tamże "Historia filozofii po góralsku") i programy telewizyjne.  Po raz pierwszy ks. Tischner pojawił się w telewizji w maju 1981 roku - po zamachu na Ojca Świętego Jana Pawła II. Potem - dopiero w latach '90... Na uwagę zasługują zwłaszcza cykle "Siedem grzechów głównych po góralsku" (1995), którego był współscenarzystą, oraz "Tischner czyta Katechizm" (1996) - rozmowy prowadzone z Jackiem Żakowskim.

  W ostatnich latach życia ciężko zachorował na raka krtani. Kolejne operacje pozbawiły Go możliwości mówienia. Mimo to prawie do ostatniej chwili wciąż pisał; z tego czasu pochodzą przejmujące teksty o Bożym Miłosierdziu. Zmarł 28 czerwca 2000 roku w Krakowie. 2 lipca pochowano Go w Łopusznej.