• Dyrekcja
• Sekretariat
• Oddział Gromadzenia i Opracowania Zbiorów
• Oddział Wsparcia Nauki
• Oddział Zbiorów Specjalnych i Ochrony Dziedzictwa
• Oddział Udostępniania Zbiorów
• Oddział Zbiorów Cyfrowych
• Oddział ds. realizacji projektu "Theo-logos"
• Oddział Przechowywania i Zabezpieczania zbiorów