• Dyrekcja
• Sekretariat
• Oddział Gromadzenia Zbiorów i Dubletów
• Oddział Opracowania Druków Zwartych
• Oddział Wydawnictw Ciągłych
• Oddział Informacji Naukowej
• Oddział Zbiorów Specjalnych
• Oddział Konserwacji i Zabezpieczenia Zbiorów
• Oddział Udostępniania Zbiorów
• Oddział Zbiorów Cyfrowych
• Oddział ds. realizacji projektu "Theo-logos"
• Oddział Obsługi